Joniškio rajono savivaldybės visuomenės sveikatos biuras vykdydamas savo veiklą bendradarbiauja su rajono bendruomenėmis, jaunimo nevyriausybinėmis organizacijomis, kitomis nevyriausybinėmis organizacijomis, pirminiais sveikatos priežiūros centrais, seniūnijomis, rajono mokyklomis, J. Avyžiaus biblioteka ir kt. Taip pat bendradarbiaujama su kitais savivaldybių visuomenės sveikatos biurais.